User Tools

Site Tools


zpradat:cs:exam

Zkouška

Předpokladem získání zkoušky je vypracování závěrečné práce. V ní byste měli prokázat, že jste schopni analyzovat mnohorozměrná data pomocí základních metod a rozumíte získaným výsledkům.

Závěrečná práce

Závěrečná práce by měla být ve formátu vědeckého článku v rozsahu maximálně 10 normostran (12ti bodové písmo s dvojitým řádkováním) včetně obrázků. Členěna by měla být do tradičních částí:

  • Abstrakt
  • Úvod - stručný úvod do problematiky, formulace cílů práce
  • Metody - metodika sběru dat, popis práce s daty (např. standardizace, transformace) a metod, mělo by být jasné ke kterému cíli se vztahuje jaká metoda, případné odůvodnění výběru dané metody
  • Výsledky - základní popis dat (počet vzorků, druhů, jedinců, jejich střední hodnoty), co říkají výsledky vícerozměrných metod - opět by měl být jasná vazba na cíle práce, komentované grafy
  • Diskuse - stručná, komentář k výsledkům konfrontovaným se známou literaturou
  • Seznam literatury.

Data můžete použít jakákoliv botanická, zoologická, či jiná ekologická, nejlépe svoje. Pokud svá data nemáte, zkuste nějaká vyhledat, nebo mi napište. Při hledání se můžete inspirovat zdroji volně dostupných dat podle Davida Zeleného (zde). Data samozřejmě musí být mnohorozměrná, tj. ve formě matice s více druhy zaznamenanými na více lokalitách. Pro interpretaci je vhodné mít k dispozici ještě matici proměnných prostředí.

Analýzy je potřeba provést alespoň dvě z následujícího seznamu, nemusíte se jím ale omezovat:

  • Klasifikace lokalit (druhů) pomocí shlukové analýzy či TWINSPANu - vyberte a uveďte použitou míru nepodobnosti a shlukovací algoritmus, nakreslete dendrogram a slovně interpretujte skupiny pomocí proměnných prostředí nebo výskytu/početností druhů. Klasifikace může být doplněna analýzou indikátorových druhů.
  • Nepřímá ordinační metoda (PCA, CA, DCA, PCoA, NMDS) - uveďte základní charakteristiky ordinace (eigenvalues, zobrazenými osami zachycené množství variability, stress u NMDS), nakreslete ordinační diagram, interpretujte jej pomocí proměnných prostředí, můžete do něj pasivně proložit proměnné prostředí, či odlišit skupiny lokalit.
  • Přímá ordinační metoda (RDA, CA, dbRDA, PERMANOVA) - použijte jednu nebo více proměnných prostředí pro vysvětlení variability v druhových datech. Testujte vámi zvolenou hypotézu, nebo použijte postupný výběr (forward selection), případně rozklad variability. Uveďte vysvětlenou variabilitu, významnost, případně zobrazte ordinační diagram.

Analýzy by měly být provedeny v R, případně v Canoco, nikoliv v Juice. Soubor se závěrečnou prací nahrajte nejpozději den před zkouškou do 16h do odevzdávárny na ISu (případně mi pošlete emailem), abych se na práci stihl před zkouškou podívat.

Průběh zkoušky

Na vybraný termín zkoušky se prosím zapisujte na ISu. Večer před zkouškou Vám emailem zašlu rozpis s časem Vaší zkoušky určeným podle Vašeho pořadí. Během půlhodinové diskuze mi představíte data, metody a důvody, proč jste dané metody použili ve Vaší závěrečné práci a pomocí doplňujících dotazů se budu snažit zjistit, zda tomu opravdu rozumíte.

zpradat/cs/exam.txt · Last modified: 2018/02/15 13:37 by vitek