User Tools

Site Tools


Sidebar

Předkonferenční workshop 2017

ws17:cs:exercise

Příklady 1

  1. Nainstalujte a připojte knihovny vegan a RColorBrewer.
  2. Změňte si barevnou paletu podle návodu.
  3. Načtěte druhovou matici a data proměnných prostředí.
  4. Zkontrolujte, zda jsou data správně načtená (druhová matice by měla být uložena v dataframu, všechny proměnné by měly být numerické, v proměnných prostředí jsou 2 faktory a zbytek taktéž numerické proměnné).
  5. Zobrazte si párový graf numericých proměnných prostředí.
  6. Zobrazte si celkový dotchart abundancí.
  7. Dvě odlehlé hodnoty vznikly chybným přepsáním z protokolu. V hodnotě abundance je vždy omylem jedna nula 0 navíc. Opravte tyto 2 hodnoty.
  8. Vytvořte si kopii druhové tabulky, z níž odstraňte druhy, jež byly zaznamenány na méně než 3 lokalitách.
  9. Transformujte nově vzniklá druhová data pomocí Hellingerovy transformace.
  10. Zobrazte si dotchart transformovaných abundancí. Porovnejte s netransformovanými.
  11. Seřaďte si druhovou tabulku podle Froudeho čísla a zobrazte si heatmap seřazené tabulky.
  12. Vypočítejte 3 distanční matice na druhových datech:
    1. Euklidovskou
    2. Hellingerovu
    3. Sorensen (Bray-Curtis) na logaritmovaných abundancích
  13. A vzájemně je porovnejte v bodových grafech.

Příklady 2

  1. Spočítejte PCA na Hellingerově transformovaných abudancích druhů, jež byly zaznamenány alespoň na 3 lokalitách. Použijte korelační matici.
  2. Zjistěte, kolik variability zachycuje 2 rozměrná ordinace.
  3. Nechejte nakreslit ordinační biplot se vzorky a druhy zaměřený na vzdálenosti mezi vzorky. Typem symbolu odlište lokality z tůní (pool) a peřejí (riffle) pomocí proměnné env$hydr a vzorky z těchto habitatů uzavřete do samostatných obálek. Popisky lokalit odstraňte. V ordinačním diagramu ponechejte jen rozumné množství (kolem 20) nejlépe se fitujících druhů.

Příklady 3

  1. Zjistěte, kolik variability v druhových datech lze vysvětlit hydraulickými podmínkami reprezentovanými Froudeho číslem.
ws17/cs/exercise.txt · Last modified: 2017/02/23 17:09 (external edit)