User Tools

Site Tools


visbiodat:cs:start

Vizualizace biologických dat

Předmět Bi8190, PřF MU, vyučující Vít Syrovátka

Na těchto stránkách najdete informace o výuce a výukové podklady k předmětu Vizulizace biologických dat. Zjevně zde ještě všechny nejsou, ale během semestru budou pilně doplňovány, proto prosím tuto stránku pravidelně kontrolujte.

Informace k zápočtům

Zápočty se budou rozdávat na cvičení 13.12.2016 na základě Vaší krátké prezentace a obhajoby vlastního grafu. Graf nemusí být složitý, ale měl by smysluplně vizualizovat informaci schovanou v datech. Data použijte ideálně vlastní. Pokud vlastní nemáte, rád nějaká poskytnu.

Rozvrh a lokalizace

Přednášky s cvičením budou probíhat v podzimním semestru 2016 každé úterý od 15:00 do 17:50 v počítačové učebně A9-316 v UKB.

Cíle předmětu

Cílem kurzu je seznámit studenty s běžnými grafickými nástroji a jejich aplikací v prostředí R. Nevynecháme ani teoretická pravidla tvorby grafů směřující k estetickým a pro čtenáře čitelným a sdílným grafům. Vysokým cílem kurzu je nabytí schopnosti studentů zvolit adekvátní typ grafu a vytvořit jej reprodukovatelně v R bez nutnosti jeho další editace. Po absolvování kurzu by měli studenti být schopni samostatně provést grafický průzkum dat a grafickou sumarizaci výsledků výzkumu v R.

Obsah výuky

Stěžejní část výuky bude zahrnovat grafické zpracování pomocí tradiční základní grafiky (příklady základní grafiky si můžete prohlídnout například zde).
V poslední době je ale velmi populární grafický balík ggplot2. Ten poskytuje flexibilní a vyspělý grafický systém, jehož výstupem jsou elegantní grafy, umožňuje nakreslit prakticky cokoliv a ovládá se pomocí pár konzistentních příkazů (příklady zde). Velkou výhodou je relativně snadné proložení modelů do grafů, má ale docela jinou filozofii než tradiční grafika. Já jej sice rutinně nepoužívám, ale líbí se mi a myslím si, že novému (v tradiční grafice ještě nekovanému) uživateli R může výrazně usnadnit práci. Pokusím se tedy paralelně nabídnout grafická řešení i pomocí tohoto balíku a nechám na Vás vybrat si svou cestu.

Předpoklady předmětu

Předpokladem pro bezproblémový průchod kurzem je základní znalost práce v R. Během cvičení nebude moc prostor na osvětlování základů práce v R. Jedná se zejména o:

  • tvorbu objektů v R (vektor, matice, dataframe, list),
  • seznámení se s odlišnými typy hodnot (numerické, logické, textové),
  • podvýběry - subscriptování,
  • tvorbu sekvencí a repeticí,
  • načtení dat do R,
  • práci s faktory.

Pokud Vám toto nic moc neříká, zvažte současné zapsání i předmětu Úvod do R, který poběží před Vizualizací (každé úterý od 12:00 do 13:50 ) ve stejné učebně.

Zápočet

Za úspěšné ukončení jsou udělovány 2 kredity. Zatím plánuji zachovat ukončení v modelu, který zavedl David Zelený, tj.:

  1. budou zadány 3 domácí úkoly, z nichž alespoň 2 budu vyžadovat,
  2. studenti na neformální závěrečné dvouhodině odprezentují vizuální zpracování vlastních dat.

Vyhrazuji si však právo na zápočtovou úlohu, pokud by zapojení studentů v hodině nesplnilo má očekávání.

Historický kontext

Tento předmět zavedl na PřF MU David Zelený a učil jej, tuším, od roku 2007, kdy jsem jej navštěvoval v Řečkovicích i já. Předmět byl zaměřen na základní grafiku a trellisové grafy v balíku lattice. Davidovy stránky předmětu s užitečnými informacemi najdete zde. Po té, co loni (2015) David odešel učit na univerzitu na Taiwan, ujal jsem se výuky já.
Vývoj jde kupředu a stejné je to i na poli grafické prezentace dat. Pokusím se jej reflektovat a letos výuku rozšířím o grafiku relativně nového balíku ggplot2, vyspělý systém zahrnující i trellisové grafy. Letošní ročník bych tedy nazval nultým. Sám se budu učit Vás vizualizaci učit. Avizuji proto jistou míru chaosu, který se budu snažit co nejvíce eliminovat.

visbiodat/cs/start.txt · Last modified: 2017/02/23 17:09 (external edit)